Ecco il codice.
Il file index.html ha questo pezzo iniziale di codice dove carico i file di mootools.js
<html>

<head>
<meta content="text/html; charset=ISO-8859-1" http-equiv="content-type">

<title><?php echo $cfgsito['titolo']?></title>
<link rel="stylesheet" type="text/css" href="style.css">
<script type="text/javascript" src="js/mootools-1.2-core.js"></script>
<script type="text/javascript" src="js/mootools-1.2-more.js"></script>
<script type="text/javascript" src="js/navigation.js"></script>
<script type="text/javascript" src="js/md5.js"></script>
<script type="text/javascript" src="js/pwd_strength.js"></script>

</head>

il file iscrizione.php caricato in un div inizia cosi
<html>
<head>
<meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
http-equiv="content-type">
<title></title>
<meta http-equiv="content-type"
content="text/html; charset=ISO-8859-1">
<title>Iscrizione</title>
<link rel="stylesheet" type="text/css" href="style.css">
<script type="text/javascript" src="js/mootools-1.2-core.js"></script>
<script type="text/javascript" src="js/mootools-1.2-more.js"></script>
<script type="text/javascript" src="js/iscrizione.js" charset="ISO-8859-1"></script>
</head>

io non riesco a capire perché mootools non funzioni in questo caso.