usando la funzione replace si uò fare:

codice:
function changeValue(txtarea)
{
   txtarea.value = txtarea.value.replace(/;/g, ',');
}
la applichi su di un evento, per esempio al onblur della textarea, o l'onclick di un bottone. La funzione prende in ingresso l'elemento textarea stesso:

Per esempio

codice:
<textarea id="Area" onblur="changeValue(this)">

</textarea>
<input type="button" onclick="changeValue(document.getElementById('Area'))" value="Click it!" />