Grazie!

Quindi l'unico modo per impedire che TinyMCE modifichi il contenuto dei miei tag <pre> è "correggere" le sue modifiche con un'espressione regolare?

Non vorrei farti cadere le braccia (non mi intendo molto di javascript, DOM e varie...) ma... dove devo inserirlo il codice che hai postato? In coda alla pagina, in modo che modifichi la textarea indipendentemente da TinyMCE, oppure da qualche parte all'interno degli script dell'editor?