Purtroppo pdfcreator tramite riga di comando non mi sembra molto flessibile.
Seguendo quanto ti ho già scritto potresti impostare una cartella qualsiasi tramite interfaccia grafica in cui andare a salvare i pdf e, all'interno del file batch, ripetere più volte le due righe che ti ho postato eseguendo la conversione dei singoli file e spostandoli nella cartella che vuoi (quindi generazione, spostamento, generazione, spostamento e così via).
Fai una prova.