In questo momento non ho presenti proprio tutte le funzioni per la gestione del file in C, comunque di sicuro quello che potresti fare (ma potrebbe esserci una soluzione migliore, quindi attendi ulteriori risposte) è un "ciclo a vuoto" dopo l'apertura del file fino al primo carattere '\n': a quel punto, sei sicura di avere il cursore di lettura posizionato sulla seconda riga.
Se poi per qualche motivo ti serve anche salvare quella posizione, puoi semplicemente usare una variabile intera in cui memorizzare il valore di ritorno della funzione

ftell()



(l'emoticon è un link)