Non mi pare che after effect e flash possano essere collegati in qualche modo. Di sicuro AE esporta anche in swf e perciò dovresti poter importare questo filmato dentro un altro sotto forma di movieclip con tante immagini quanti sono i fotogrammi che compongono l'animazione.
Dovrebbe valere lo stesso per il 3D, almeno usando Cinema 4D e mi pare anche 3D Studio.