nel codice delle pagine html aggiungi una variabile all'swf.
per esempio in home chiama sito.swf?sez=home e in tutte le altre chiama sito.swf?sez=interne

poi sul primo frame dell'swf metti un if:
stop();
this.onEnterFrame = function () {
if (sez == "home") {
gotoAndPlay(2)
} else if (sez == "interne") {
gotoAndPlay("loop")
}
}

Naturalmente però se l'utente torna nella home rivedrà tutta l'animazione. Per evitarlo dovresti usare un cookie.