sinceramente ti sconsiglio dall'affidarti ad una soluzione in javascript per una funzionalità così importante come i link: se javascript per qualche motivo non viene eseguito (o se si verifica un errore js in pagina) i tuoi link non funzioneranno e difficilmente saranno indicizzati dai motori di ricerca. Un suicidio.

Potresti fare la stessa cosa in modo sicuro usando variabili definite con un qualche linguaggio lato server, ma se non puoi usarle evita del tutto di rimpiazzare i link lato client

se tutti i link in pagina iniziano con lo stesso prefisso puoi usare il tag <base> nell'head della pagina

codice:
<base href="http://nomesito2.sito.com/directory/" >
senza perdita di accessibilità