Ok, il codice che ho usato dovrebbe essere corretto, cambio i permessi della cartella contenitore a 0777 prima di creare la sottocartella e copiarci il documento, poi cambio nuovamente i permessi.
Il problema dipendeva dal fatto che non potevo usare chmod sulla cartella contenitore perché l'avevo creata da ftp. Creandola con php, mette il codice come proprietario della cartella e non ho nessun problema.
Saluti.