Ho provato ed è esattamente come ti dicevo, il file swf esportato da AE viene importato in flash sotto forma di una serie di immagini consecutive che vengono inserite nella timeline (io l'ho provato creando un clip vuoto e inserendo l'swf esterno lì), perciò puoi decidere di eliminare dei frame per renderlo più leggero e veloce, oltre a poter gestire la timeline del clip come in qualsiasi altro caso.