Scrivi meglio il codice la prossima volta e postalo con [code ] [/code ] (senza spazi nelle parentesi) se no non si capisce niente... te lo riscrivo che è meglio pure per me...

codice:
char k[5];

for ( l = 0; l < A; l++) {
   while ( l < 1)
      k[l] = l%2;
   l = l/2;
   t = t + 1;
}

for ( t = 0; t <= 0; t--)
   scanf("%s", k[l]);

for ( i = 0; i < C; i++)

	for ( l = 0; l < A; l++) {

	   strcat (B[i].1, k[l]);
	   fprintf (D, "B[i].1\n");
	}
Innanzitutto quel while nel primo for, così com'è, a me pare proprio che non finirà mai. Forse le altre due operazioni che seguono sono da includere nel suo corpo?

Poi, come hai definito la struttura? E poi che significa

codice:
B[i].1
?

Hai forse chiamato "1" il campo di una struct?