Ci mancherebbe altro... i forum praticamente vivono di domande...

Se scrivi in Xhtml Strict (e quindi validi quel doctype) sei più sicuro con le varie compatibilità, la semantica etc... quindi se puoi fallo in quel modo...
Se ad esempio devi includere del codice che ti passa un terzo sito allora è un problema... quello non puoi modificarlo. Io risolvo cambiando il doctype SOLO a quella pagina (lo faccio in php... ma qualunque metodo è lecito)