Non so nel tuo, ma in buona parte dei portatili chiudere il coperchio (ovvero il monitor) li mette in stand-by, non li spegne.

Per cui la procedura corretta è:
- spegnere il computer
- quando è spento del tutto, chiudere il coperchio

Può darsi che per questioni di frazioni di secondo nel tuo caso l'arresto completo si sia intersecato con lo stand-by.