A me l'algoritmo suggerito funziona perfettamente ...

Codice PHP:
<?php 

function is_sub_dir($dir$subdir) {
    
$dir realpath($dir);
    
$subdir realpath($subdir);
    if (!
$dir || !$subdir) {
        return 
false;
    }
    return 
substr($subdir0strlen($dir)) == $dir;
}

$destination '/ciccio/pluto';
$folder '/ciccio/pluto/paperino/';
var_dump(is_sub_dir($destination$folder));

$destination '/ciccio/pippo';
$folder '/ciccio/pluto/paperino/';
var_dump(is_sub_dir($destination$folder));

?>