Ehilà chupacabras! Il web è piccolo a quanto pare...
Non penso che qualcuno trovi mai il tempo e la voglia di debuggare un codice di 200 righe e più, tanto più se il problema è apparentemente paradossale come lo definisci tu.
Come hai definito questo benedetto header? Puoi postarne un esempio su un file piccolo, anche di pochi caratteri? Non ha alcun senso il fatto che un ciclo iterativo di lettura da un file si fermi quando trova un punto...
Tra l'altro, la chiamata all'ultimo metodo (decodifica) mi da questo errore (con Dev):
"`const NodoHuff' as `this' argument of `std::string NodoHuff::decodifica(std::string, NodoHuff, int)' discards qualifiers "