Già, credo anche io che senza PAE non veda più di 4 Gb.
Il pae serve appunto ad usare 36 bit invece di 32 per l'indirizzamneto della ram portando a 64 i Gb indirizzabili.
se non è abilitato non credo che vedrà mai il resto della ram semplicemente perchè continuerà ad usare 32 bit di indirizzo.
Comunque non vedo perchè non usare PAE, l'unica cosa nel sistema che cambia è il kernel e non credo abbia particolari incompatibilità. io proverei con il pae, se per te non è un problema eventualmente compilare il kernel suppongo tu non abbia problemi a cambiare quello che usi adesso.
Io l'ho usato su diversi server db e xen e non mi ha mai dato particolari problemi.