Process m = Runtime.getRuntime().exec("mioprogramma.exe "+name);
In un file ho fatto questo creandomi poi una funzione che implementa la classe thread che lavora sul bufferread per acquisire le varie linee del prompt dos.
Questo funziona...

in un altro file ho scritto qualcosa del genere associato ad un pulsante
jButton2.addActionListener(new ActionListener() {
public void actionPerformed(ActionEvent evt) {
try{
Process p= Runtime.getRuntime().exec("mioprogramma.exe "+name);
p.destroy();
} catch (IOException e) {
System.out.println("EXCEPTION: ");
e.printStackTrace();
System.exit(-1);
}

Dove sbaglio?