vuoi sapere quali campi hanno differenti oppure solo il numero di campi differenti??...la logica che mi viene in mente e quella di farti una piccola estrazione ( anche di 1 record ) poi con la mysql_fetch_array ti valorizza un'array, all'interno di questo array avrai i tuoi campi a db e i valori del singolo record estratto ( che non ti interessa ). fai la stessa cosa per l'altra tabella così avrai due array ArrayA ArrayB poi li usi a secondo del tipo di confronto che ti serve