Non ho capito benissimo, comunque proviamo...il comando che cerchi tu è il confirm e non l'alert

la sintassi è semplice
function conferma() {
if (confirm("Utente sconosciuto, vuoi andare al login?"))
{
window.location.href="pagina_login";
}else{
window.location.href="altra_pagina";
};
}

poi nell'onload del body richiami la funzione
<body onLoad="conferma();">