Guarda anche io di recente ho sviluppato proprio un progetto in C++ ricorrendo alla STL. Ho sviluppato tutto su Slackware ricorrendo appunto a gcc 4.2.3 (mi sa che lo devo aggiornare un po' ^^') e poi ho provato lo stesso codice su Windows con Dev-cpp 4.9.9.2 e non ho avuto alcun problema di portabilità (praticamente a meno di un solo warning banale e risolvibile in pochi secondi).

Ora non so quanto il tuo progetto sia più (o menno) complesso di quello che ho sviluppato io, ma comunque se ricorri alla combinazione gcc su GNU/Linux e mingw su Windows credo proprio che non avrai problemi, essendo appunto mingw un porting del gcc in ambiente Microsoft.

In ogni caso, se si escludono appunto alcune mie poche esperienze passate, non sono un esperto dell'argomento e ti consiglio di attendere altre risposte.