Non sono un grande appassionato di Scanner... comunque, con un BufferedReader e il suo metodo readLine te la cavi comodamente. Per come organizzare il lavoro dovrai deciderlo tu: se il/i file da parsare è/sono fatto/i così allora risulta agevole estrarre riga per riga, magari fatti una classettina con un minimo di metodi per tirare fuori la riga delle intestazioni, tutte le altre righe e per poterle produrre sia in formato Object[] che Vector, che poi sono i tipi che ti servono appunto per riempire una JTable.