Con lo "Sfoglia" del browser non si può fare.
Poi non ho capito..... PHP (lato server) dovrebbe processare qualcosa lato client?
L'unico modo per farlo è passagli in "encode=multipart/data" dei campi <input type="file" /> e processare ogni singolo file separatamente.
Potresti farlo, ma non con PHP, utilizzando delle ActiveX o degli script per il browser che forniscono un'interfaccia diversa.
Ma è poco consigliabile, fuori standard, macchinoso, di lunga implementazione, forse neanche tanto funzionale.
Mi orienterei su un altro metodo....