non so se ho capito bene, pero descrivo la mia applicazione:
dentro il mio file .jar(l'applicazione vera e propria) ci sono tre cartelle:

- gui (package che ho creato io)
- logica (package che ho creato io)
- META-INF (c'e il file manifest)

come dicevo prima dentro gui e logica ci sono tutte le classi che ho creato della mia applicazione.
la libreria iText (file .jar) e indispensabile ad una classe contenuta nella cartella gui.
dentro il foglio di manifest c'e scritto:

Manifest-Version: 1.0
Main-Class: gui.PannelloSchede

quindi io dovrei fare cosi:
mettere nella cartella "gui" il file iText.jar e nel manifest specificare questa riga:
Class-Path: gui/iText.jar
giusto???