Non vorrei essere nei tuoi panni.
Preparata la SoredProcedure() che sarà molto diversa se preparata per MySql o per SqlServer.
Credo che tu ti debba preparare un programmino che, invocato ad una tale ora, legga la StoredProcedure da un file .sql e la esegua.
Come mai ti trovi nella situazione di dover addirittura modificare la StoredProcedure() nel tempo?
(Posto che abbia capito bene il problema.)