Se FDPF impiega tanto tempo, non puoi velocizzarla.
Provato così?

Codice PHP:
set_time_limit(0) 
Se poi il file è davvero tanto grande, considera che FPDF scrive tutto il file in una variabile e poi la spedisce al file, potrebbe verificarsi che non ti sia sufficiente la memoria per scrivere il file nella variabile (il limite in genere è fissato a 8M). In quel caso aumentala con

Codice PHP:
ini_set("memory_limit", "20M");