si, ti assicuro che un linguaggio come PHP non solo non offre il supporto ai thread ma lui stesso ha librerie ufficiali che non sono thread safe!

poi, in realtà, molto dipende dal webserver ... per esempio apache, se funziona tramite l'mpm prefork, non può sfruttare thread, ma questo è un altro discorso

come ti hanno suggerito, utilizza AJAX/AHAH o, al limite, un iframe, ma te lo sconsiglio, per aggirare il tuo problema

Alternativamente considera che quando php invia i dati al browser non chiude la connessione:
- invii la pagina HTML dove avvisi dell'operazione in corso
- utilizzi il comando flush() per forzare l'invio dei dati al browser
- generi il pdf
- mandi 2 righe di JS che cambiano il testo "generazione avviata" in "operazione conclusa" con il link per il download (se ti serve)

in tutto questo trambusto è importante che metti il set_time_limit su 0 in modo che se passi i 30 secondi per la generazione del PDF non succede nulla di grave