I generatori di numeri casuali solitamente vengono inizializzati con l'ora di sistema, per cui il tuo sistema non avrebbe effetto sui generatori di numeri casuali già inizializzati. Inoltre il tempo che intercorre tra il reset dell'ora di sistema e l'inizializzazione del generatore di numeri casuali di un altro processo è, pur nella sua brevità, piuttosto variabile, essendo influenzato da molti fattori che possiamo considerare più o meno casuali (IO su disco/rete, richiesta del processore da parte del sistema o di altri processi, eventuali cache-miss o page-fault, eccetera); tali fattori tra l'altro influenzano anche la precisione del tuo timer da 1 millisecondo, che difficilmente sarà così preciso, e quindi avrai un ulteriore elemento di casualità nel tuo sistema.
In sostanza, quindi, stai cercando di ottenere l'impossibile. Tra l'altro, che utilità avrebbe un'applicazione del genere?