Se lo hai in una partizione prova ad eseguire scandisk in modalità correzione degli errori.
Eventualmente puoi tentare 2 sequenze:

1) Se riesci ad avviare il pc mediante cd di Windows ed arrivare alla console di ripristino digita chkdsk /p.
2) Se il passaggio di prima è andato male dovresti ripristinare il registro di sistema. Per farlo vedi questa guida:
http://support.microsoft.com/kb/307545. Io uso questa sequenza se il pc deve per forza essere sistemato senza essere formattato.

Ciao ciao.