Potrebbe...mi sa che è le spiegazione.

Una favicon per essere valida non necessita unicamente di determinate dimensioni, tu come l'hai creata?prova usando questo tool:

http://www.favicon.cc/

La mia favicon funziona senza nessun link, con tutti i browser (ie compreso), semplicemente mettendo nella root il file favicon.ico.

EDIT: Come volevasi dimostrare ho postato tardi. Il tuo tool è anche quello che avevo usato io ai tempi...ora mi salvo l'url.