codice:
L'interazione di un controllo ActiveX in questa pagina
con le altre parti della pagina è potenzialmente dannosa. 
Consentire l'interazione?
Questo sarebbe non chiedere niente? tralasciando il fatto che funzionerebbe solo su IE.

Inoltre forse ti e' sfuggito:
Originariamente inviato da br1
Il javascript viene eseguito sul client solo quando la pagina arriva al browser, dopo che tutto il codice lato server e' stato elaborato.
tradotto: non puoi eseguire un'istruzione sul server, scrivere una riga sul client, eseguirne un'altra sul server... e cosi' via

Hai fatto accenno ad un file BATCH... cosa ti impedisce di richiamare un file BAS o WSH o altro linguaggio/applicazione/utillity se il problema e' copiare un file da un computer ad un'altro? lo scope del javascript e' la pagina web e come tale ci sono restrizioni e protezioni non bypassabili senza interazione con l'utente.

ciao