Essendo già un avi, secondo me puoi solo elaborare il filmato con un programma di editing video, sovrapponendo alla zona sottotitoli una maschera nera su cui poi scorrerranno i sottotitoli nuovi.
Perdi una porzione di schermo ma altro non mi viene in mente.


PS
Oppure cercare un programma che nel momento in cui importa i sottotitoli metta uno sfondo alla scritta, così da coprire i precedenti.
Non so se esista però