Avevo letto qui sul forum che per fare in modo che il file flv venga letto correttamente dall'hosting è necessario che l'estensione sia attiva, se non sbaglio lo deve essere tra i mime-type, anche se personalmente non ho mai avuto problemi, in qualsiasi hosting in cui l'ho provato.
La cosa migliore che tu possa fare comunque è chiedere direttamente ai gestori dell'hosting su cui il filmato non si vede, sicuramente sapranno risponderti meglio di quanto si possa fare in un qualsiasi forum.