provo a darti un consiglio

1) crei il contenuto della home piazzandolo in una tabella e rendeno quest'ultima invisibile e rendendo invece visibile il filmato flash

<table id="contenitore">
<table style="visibility:hidden; position:absolute" id="home"> </table>
<table style="visibility:visible; position:relative" id="filmato"> </table>
</table>

2) quando il filmato flash finisce inverti i valori

<table id="contenitore">
<table style="visibility:visible; position:relative" id="home"> </table>
<table style="visibility:hidden; position:absolute" id="filmato"> </table>
</table>

così non avrai nemmeno problemi di indicizzazione

p.s. non so se ho scritto bene il codice dello style... volendo... il filmato puoi anche "cancellarlo" ricorrendo all'innerHTML