Mi spiego meglio: se ad esempio hai entrambi gli swf in una cartella chiamata /swf , e la pagina (diciamo index.html) nella root del sito, gli swf si richiamano fra di loro in modo "diretto" (esempio: nell'swf del menu al clic di un pulsante gli dici loadMovie("altro.swf"); ).
Quando invece l'swf "menu" è inserito nella pagina index.html la chiamata giusta per l'altro swf invece è loadMovie("swf/altro.swf"); in quanto, anche se sono entrambi gli swf nella stessa cartella, il percorso corretto per la chiamata lo ottieni in modo relativo al file html.
Spero di essermi spiegato!