Puoi provare così (N.B non so se funziona):

Mettici un pulsante con un id, tipo:

codice:
<input id="StartPlayer" type="button" value="Start Player" />
cambia la riga:

codice:
<script language="JavaScript"> flowplayer("player", "http://mio sito/flowplayer-3.0.7.swf"); </script>
in

codice:
<script language="JavaScript">
   window.onload = function(){
      document.getElementById("StartPlayer").onclick = function(){ flowplayer("player", "http://mio sito/flowplayer-3.0.7.swf");};
   }
</script>
A questo punto cliccando sul bottone dovrebbe partire il player