codice:
if (msg.indexOf('è')!=-1) { 
   msg.replace("è","e'");
   flag = true;
}
l'indexOf funziona e se l'alert ti dava false probabilmente è perchè sbadatamente non gli passavi un valore con la lettera è

l'istruzione giusta comunque è :
msg = msg.replace("è","e'");

l'ho appena provato e non mi da nessun problema