non per sviare dal problema, ma ti pare il caso di usare tanto jquery quanto prototype/scriptaculous?

di script gia' pronti di tipo lightbox e simili fatti in jquery ce n' e' a bizzeffe, basta cercarli
cosi' come, se avessi chiaro come funziona prototype/scriptaculous, non dovresti trovare impossibile ricostruire con diversa sintassi questo slidemenu

insomma, risolvi come preferisci
ma spingere a far coesistere 2 librerie che per tanti versi fanno cose identiche e' veramente dozzinale

ciao