Credo di avere un po' di confusione... ricapitolando:
Io creo dei file (*.cpp, *.h) e li compilo per ottenere il file "libreria.lib". Una volta che si ha la libreria, scrivo un'altro file che contiene i prototipi della libreria. In quest'ultimo file che cosa devo includere? Niente di particolare? Poi, scrivo il mio programma principale, che deve utilizzare quella libreria, includo il file con i prototipi. Il codice #pragma comment è valido sempre, su qualsiasi sistema operativo e compilatore?