si è vero il select diventa scomodo con molte tag... allora fai una textarea.
Magari potresti metterci a fianco un'area in java dove hai i tag già presenti, tipo cloud ma senza formattazione del testo, al click te lo aggiunge direttamente alla textarea con la virgola ecc...
Metti tutto in un'array e prima di caricare controlli quali nomi di tag sono già presenti con un semplice ciclo for.