puoi fare con joomla+virtuemart solo l'ecommerce.. chiaramente non avrai molto l'idea di "integrato" nel sito, a meno di non lavorare pesantemente con la gafica e rifare ex-novo o quasi il template - cosa comunque possibile..

poer il dominio puoi fare tutto con 1 solo... e mettere l'ecommerce in una dir del tuo spazio web ad esempio, in modo che sia raggiungibili all'indirizzo www.tuosito.it/shop oppure in un sottodominio: shop.tuosito.it
dipoende anche da che tipo di hosting hai