Devi passare l'url alla funzione, eseguire la funzione e poi andare all'url...

Così:

codice:
<script language="javascript" type="text/javascirpt">
function tuaFunzione(url)
{
     ... tuo codice ...

     // Vai all'url (ultima istruzione della funzione)
     window.location.href = url;
}
</script>
Mentre il tuo link diventerà

codice:
LINK
Questo è l'unico modo per eseguire tutta la funzione e poi cambiare pagina.