Io farei così:

Crea una tabella nel DB, in cui vai a salvare - per ogni record - l'ID dell'utente ed il numero del messaggio clikkato.
Quando un utente clikka su uno dei messaggi, redirigi ad una pagina PHP che si occupa solo di aggiornare questa tabella, dopodiché rimanda al numero del messaggio e permette all'utente di leggerlo.