Cosi va a finire che se ci sono 1000 post non letti su 1000 utenti si crea una tabella di 1000000 record
Io ti consiglierei di collegare i cookie alla funzione serialize. In un solo cookie metti un array serializzata con tutti i timestamp dell'ultima visita di ogni sezione. Se entri in una sezioni il timestamp di quella specifica viene aggiornano e i post col segnalino "nuovi" saranno quelli con timestamp inferiore a quello nel cookie =P.