usa il comando cp

$ cp /var/www/nomefile /var/www/adasd/adasda/adsadad/dasda/nomefile

se usi lo stesso nome per il file origine e per quello destinazione, lo copi semplicemente, se invece per quello destinazione cambi nome, lo copi e lo rinomini contemporaneamente

Almeno mi pare se ricordo bene. Ovviamente devi avere i permessi per leggere e scrivere nelle directory in cui dvi operare (es. se i file sono nella tua "/home/utente" altrimrnti devi essere root od usare "sudo" a secondo di come è impostata la tua distribuzione.

Comunque non ne sono proprio certo perché io uso sempre "mc" (mighdnight commander) per queste cose che è semplicissimo e velocissimo da usare ed assai intuitivo.