ciao ,

è sbagliato l'approccio.. la durata la imposti quando istanzi lo slide sull' oggetto passandolo come opzione.

quindi cambia questa linea
codice:
var myVerticalSlide = new Fx.Slide('vertical_slide',{duration: 5000});

data la struttura della tua classe il tempo impostato vale sia per l'apertura che per la chiusura.

p.s.:

LA DURATA è ESPRESSA IN MILLISECONDI.. QUINDI 5000= 5 SECONDI