Dipende dall'uso.
Se lo usi sul web con una pagina dedicata, allora basta usare iun linguaggio lato server, per fare quello che flash non può fare (scrittura e modifica).
Mentre a livello desktop devi usare un programma di terze parti che aggiunga la possibilità di manipolare il filesystem, oppure se usi AS3, potresti aiutarti con AIR, un progetto di Adobe, che comprende una libreria actionscript dedicata allo sviluppo a livello desktop.