1) Non utilizzo mai IExpress perchè mi trovo meglio con WinRar e cmq è giusto che ti dica che il file .msi non esiste perche è già stato cancellato dall'archivio durante l'avvio del file Setup.exe. Questo succede se, in WinRar, si scegli l'opzione 'decomprimi i file in una cartella temporanea', Questa opzione serve per cancellare poi i file una volta decompressi è utilizzati. Purtroppo cosa succede: WinRar decomprime il file MioProgramma.msi e Setup.exe in una cartella temporanea e avvia alla fine il file setup.exe, a questo punto per WinRar i file decompressi non hanno piu ragione di esistere per cui li cancella tranne che il file setup.exe che è in esecuzione. Il file MioProgramma.msi è stato intanto cancellato e quando il file di setup.exe arriva al punto in cui cerca il file .msi non lo trova e ti da l'errore riscontrato. Non so se con IExpress sia la stessa cosa, ma penso di si.
3) Non so risponderti
6) Le varie finestre di installazione (parlo quelle che vengono generate con il setup di VB.NET) tipo la presentazione, la conferma di installazione, il percorso di intallazione ,la licenza, il numero seriale, possono essere tutte personalizzate (non direttamente con VB.NET ma con ORCA) , tolte o lasciare solo quelle che ti interessano.