con un eval ti togli il pensiero....

codice:
eval('alert("ciao")');
Tuttavia se vuoi importare dinamicamente un file JS esterno di conviene fare un injection di un tag script nella head:

codice:
var tag = document.createElement('script');
tag.type="text/javascript";
tag.src = "js/myfile.js";

document.getElementsByTagName('head')[0].appendChild(tag);
Il contenuto del file js viene valutato immediatamente