Forse ho capito...
Ti posto uno pseudo-codice che riusa la query che usi tu:
Codice PHP:
$query="SELECT a.`posizione`, a.`codice-componente`, a.`quantita-rolla`, a.`type`, b.`num-carrello`, b.`posiz-carrello` FROM setup AS a INNER JOIN carrelli AS b ON a.`codice-componente` = b.`cod-din-rolla`
WHERE a.`codice-sk`=$codicesk";

$result = mysql_query($query) or die("Query non riuscita: " .mysql_error());

if (mysql_num_rows($result) == 0) {
    echo "codice non trovato";
    }
else {
    #mostra i risultati
    } 
Per precisione, non è la query che ti dice che non trova niente, è lo script che verifica e opera di conseguenza...