In VB.NET è semplice semplice. Aggiungi al tuo progetto una NotifiIcon e metti a False la proprietà di visibilià, scegli una tua icona. Sul tuo progetto sull'evento FormClosing intercetti la chiusura e la impedisci e :
1- Imposti la proprietà della Form ShowInTaskbar a False
2- Riduci a icona l'applicazione
3- Imposti la visibilta a True la NotifyIcon

e il gioco è fatto. credo che in C# sia analogo.

Per il resto basta che crei una classe pernonalizzata con un'evento che si scatena quando accade qualcosa alle seriale.